*RAMAS DE LA MICROBIOLOGÍA: La microbiología se divide en 4 ramas para el estudio de los diferentes agentes microbianos causantes de las patologías infecciosas: parasitología, micología, bacteriología y virología.

*CLASIFICACIÓN TAXONÓMICA: Es un termino que se relaciona con la Sistemática, y a veces se usa intercambiablemente con ella. La taxonomía, lo mismo que la Sistemática, se refiere a la clasificación o agrupamiento sistemático de los organismos en grupos o categorías llamados taxa. La taxonomía se divide en tres partes:

1. - Clasificación: El agrupamiento ordenado de unidades en grupos dentro de unidades mayores.

2. - Nomenclatura: La denominación de las unidades definidas y por la clasificación.

3. - Identificación: Haciendo uso del criterio establecido por la clasificación y nomenclatura mencionados, los microorganismos se identifican comparando las características de las unidades desconocidas y las conocidas.

Es conveniente clasificar en grupos toda serie grande en microorganismos; los mismos miembros incluidos en un grupo deben parecerse entre sí con un grado mayor de semejanza que los miembros de otro grupo. Para agrupar los organismos relacionados a diferentes niveles de similitud, se aplica una serie de categorías taxonómicas o taxa, que son las siguientes:

·         Especie: Organismo de una misma clase.

·         Genero: Grupo de especies relacionadas.

·         Tribu: Grupo de géneros relacionados.

·         Familia: Grupo de tribus o géneros relacionados.

·         Orden: Grupo de familias relacionadas.

·         Clase: Grupo de ordenes relacionadas.

·         Phylum: Grupo de clases relacionadas.

·         Reino: Grupo de phyla relacionados

Los grupos taxonómicos son de varias clases. Conviene reconocer que existen dos formas generales de abordar la clasificación microbiana:

1.- Un sistema artificial o utilitario ideado solamente para identificar un organismo, designado comúnmente como clave diagnostica.

2.- Un esquema natural o filogenético a manera de árbol genealógico que intenta ordenar los organismos de modo que denoten sus relaciones entre sí..

*GENERALIDADES DE LA MICROBIOLOGÍA: La Microbiología es la ciencia que trata los seres vivos muy pequeños. Aquéllos que a simple vista no se ven: Los microbios Los microorganismos son pequeñitos, pequeñitos, son una serie de formas de vida posibles de ver solo con la ayuda del microscopio, se agrupan en diferentes reinos. Hay distintos microorganismos cada uno con características celulares distintas como las eucariotas y las procariotas y otras con formas y propiedades acelulares como los virus. Los microorganismos son diferentes entre si, podemos encontrarlos en el aire, en el agua, sobre superficies, inclusive dentro de algunos seres vivos, en sus sistemas digestivos, por eso los podemos agrupar en varios reinos conservando algunas características así:

REINO, GRUPOS DE ORGANISMOS QUE PERTENECEN AL REINO Y RAMA DE LA MICROBIOLOGÍA QUE LOS ESTUDIA

·         Reino Mónera

·         Virus

·         Virología

·         Bacterias

·         Bacteriología

·         Reino Protista

·         Hongos no verdaderos

·         Algas

·         Ficología

·         Protozoos

·         Protozoología, Parasitología

·         Reino Fungi

·         Levaduras

·         Mohos

·         Micología

CAMPOS DE ACCIÓN DE LA MICROBIOLOGÍA

Como todas las ciencias, la microbiología tiene sus propios campos de acción.

1. Microbiología médica (esta estudia los Patógenos, Antibiosis, Inmunización, epidemiología y procedimientos de diagnóstico).

2. Estudio de los microorganismos en relación con el desarrollo de las ciencias.

*CLASIFICACIÓN DE LAS BACTERIAS:

1.- SEGÚN LA FORMA: La mayoría de las bacterias presentan forma de bastón, esfera o espiral. Las bacterias con forma de bastón reciben el nombre de bacilos. Las bacterias esféricas se llaman cocos y las que presentan forma espiral o en tirabuzón se denominan espirilos.

2.- EN AEROBIAS Y ANAEROBIAS: Las bacterias se pueden clasificar también en función de si necesitan oxígeno o no para sobrevivir: las aerobias precisan oxígeno mientras que las anaerobias no. Las bacterias que viven en las grietas hidrotermales son anaerobias. Muchas especies anaerobias producen intoxicaciones alimentarias.

3.- EN AUTÓTROFAS Y HETERÓTROTOFAS: Respecto a la fuente de carbono que utilizan para nutrirse, las bacterias se pueden clasificar en autótrofas y heterótrofas. Las bacterias autótrofas (producen su propio alimento), lo obtienen del dióxido de carbono (CO₂). Sin embargo, la mayoría de las bacterias son heterótrofas (no producen su propio alimento) y obtienen el carbono de nutrientes orgánicos como el azúcar. Algunas especies heterótrofas sobreviven como parásitos, creciendo dentro de otros organismos y utilizando tanto los nutrientes como la maquinaria celular de la célula huésped. Algunas bacterias autótrofas, como las cianobacterias, emplean la luz solar para producir azúcares a partir de CO₂. Sin embargo, otras dependen de la energía liberada por la descomposición de compuestos químicos inorgánicos, como nitratos y compuestos de azufre.

4.- BACTERIAS GRAM POSITIVAS Y GRAM NEGATIVAS: Otro sistema de clasificación de las bacterias utiliza las diferencias en la composición de su pared celular. El empleo de una técnica llamada tinción de Gram pone de relieve estas diferencias identificando las bacterias como Gram positivas y Gram negativas. Tras la tinción, las bacterias Gram positivas retienen el tinte y se colorean de violeta, mientras que las bacterias Gram negativas liberan el tinte y se tiñen de color rosado. Las especies Gram positivas tienen paredes celulares más gruesas que las Gram negativas. El conocimiento de si una enfermedad está originada por una bacteria Gram positiva o Gram negativa ayuda al médico a prescribir el antibiótico adecuado. Este método de identificación recibe el nombre de Hans Christian Joachim Gram, el médico danés que lo desarrolló en 1884

HONGOS: De acuerdo con su modo de reproducción y su estructura los hongos se clasifican en cuatro divisiones:

Ascomycota

Es el grupo más grande. Estos hongos poseen formas muy variadas: de copa, botón, disco, colmena y dedos, entre otras. Agrupa una gran cantidad de hongos patógenos de plantas y animales y aquellos que crecen sobre alimentos, además algunos que se pueden encontrar sobre cuero, tela, papel, vidrio, lentes de cámaras, paredes, etc.
La característica principal, además de su forma, es la presencia de estructuras reproductoras microscópicas llamadas ascas, que dan origen a las esporas. Las ascas están formadas por una célula especializada con forma de saco en cuyo interior se forman las esporas. A las esporas producidas por los ascos también se les llama ascosporas. Los líquenes pertenecen al reino de los Hongos porque tienen el mismo tipo de reproducción y el 99% de las especies conocidas pertenecen al Filo Ascomycota (Ascolíquenes) y solamente 1% al Filo Basidiomycota.

Basidiomycota

Incluye aquellos hongos con forma de sombrilla, de coral, las orejas de palo, los gelatinosos, globosos y algunas levaduras, entre otros. También incluye los que tienen aspecto polvoriento o como manchas y crecen sobre diversas estructuras de las plantas (flores, frutos, hojas, tallo o raíces). Algunos tienen importancia económica, como las royas y los carbones.
A nivel microscópico su característica principal es la presencia de estructuras reproductoras especializadas o basidios, las cuales dan origen a las esporas pero en forma externa, generalmente en grupos de cuatro, aunque en algunas especies pueden encontrarse dos y seis esporas por basidio. Las esporas se conocen como basidiósporas.

Chytridiomycota

Grupo formado principalmente por hongos acuáticos microscópicos, aunque algunos pueden crecer también sobre materia orgánica en descomposición u organismos vivos como gusanos, insectos, plantas y otros hongos. En este caso, las esporas, llamadas "zoosporas", poseen flagelos que les permiten moverse en medios líquidos. Este grupo no ha sido tomado en cuenta hasta el momento en el presente Inventario de Hongos de Costa Rica.

Zygomycota

Compuesto por hongos microscópicos que pueden desarrollarse sobre materia orgánica en descomposición, aunque también se pueden encontrar en el tracto digestivo de algunas especies de artrópodos, como los insectos. Este grupo no ha sido tomado en cuenta hasta el momento en el presente Inventario de Hongos de Costa Rica.

VIRUS:

CLASIFICACIÓN DEL ICTV

El Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) desarrolló el sistema de clasificación actual y escribió pautas que daban más importancia a ciertas propiedades de los virus para mantener la uniformidad familiar. Un sistema universal para clasificar los virus y una taxonomía unificada han sido establecidos desde 1966. El 7 º Informe del ICTV formalizó por primera vez el concepto de especie vírica como el taxón más bajo de una jerarquía ramificada de taxones de virus.^{[n. 4] [115]} Sin embargo, actualmente sólo se ha estudiado una pequeña parte de toda la diversidad de los virus, y análisis de muestras obtenidas de humanos revelan que aproximadamente un 20% de secuencias víricas recuperadas no han sido observadas anteriormente. Muestras del ambiente, como sedimentos marinos y oceánicos, revelan que la gran mayoría de secuencias son completamente nuevas.^[116]

La estructura general de la taxonomía es la siguiente:

Order (-virales)

Familia (-viridae)

Subfamilia (-virinae)

Género (-virus)

Especie (-virus)

La taxonomía actual del ICTV (2008) reconoce cinco órdenes: los caudovirales, los herpesvirales, los mononegavirales, los nidovirales y los picornavirales. El comité no distingue formalmente entre subespecies, cepas y aislamientos. En total, hay cinco órdenes, 82 familias, 11 subfamilias, 307 géneros, 2.083 especies y unos 3.000 tipos que aún no han sido clasificados.^{[117] [118]}

CLASIFICACIÓN BALTIMORE

El biólogo ganador del Premio Nobel David Baltimore diseñó el sistema de clasificación de Baltimore.^{[37] [119]} El sistema de clasificación del ICTV es utilizado en combinación con el sistema de clasificación de Baltimore en la clasificación moderna de los virus.^{[120] [121] [122]}

La clasificación de Baltimore de los virus se basa en el mecanismo de producción de ARNm. Los virus deben generar ARNm de su genoma para producir proteínas y replicarse, pero cada familia de virus utiliza mecanismos diferentes. El genoma de los virus puede ser monocatenario (ss) o bicatenario (ds), de ARN o ADN, y pueden utilizar o no la transcriptasa inversa. Además, los virus ARN monocatenarios pueden ser o positivos (+) o negativos (-). Esta clasificación reparte los virus en siete grupos:

• I: Virus dsDNA (ej., adenovirus, herpesvirus, poxvirus)

• II: Virus ssDNA (ej., parvovirus)

• III: Virus dsARN (ej., reovirus)

• IV: Virus (+)ssRNA (ej., picornavirus, togavirus)

• V: Virus (-)ssRNA (ej., Ortomixovirus, rabdovirus)

• VI: Virus ssRNA-RT (ej., retrovirus)

• VII: Virus dsDNA-RT (ej., herpesviridae)

PARACITOS: Los parásitos son eucariotas de estructura compleja y que poseen un núcleo verdadero. Los estudiamos según la siguiente clasificación:

·         Protista: Protozoos

·         Animal: Metazoos

o    Helmintos ( Platelmintos o Nematelmintos)

o    Artrópodos

CLASIFICACIÓN SEGÚN DISTINTOS PUNTOS DE VISTA

Desde el punto de vista temporal el parasitismo puede ser Ocasional u Obligado. Este último a su vez puede ser permanente o intermitente.

Desde el punto de vista de la situación se da el Endoparasitismo (afectan al interior del huésped. INFECCIÓN) y el Ectoparasitismo (afectan a la piel. INFESTACIÓN).

Desde el punto de vista del huésped al que parasitan y cómo lo parasitan tenemos parásitos Monoxenos (uno exclusivo y específico) y Heteroxenos (puede haber más de un parásito afectando al individuo)